查重阈值设定是论文检测系统中的重要环节，常见的方法包括基于百分比的阈值设定、基于权重的阈值设定、基于领域特征的阈值设定等。基于百分比的阈值设定是指设定一个重复内容的比例阈值，超过该比例则视为抄袭；基于权重的阈值设定是根据文本中不同部分的权重赋值来判断相似度；基于领域特征的阈值设定则是根据不同学科领域的特点设定不同的阈值。

此外，还有基于语义分析的阈值设定方法，通过对文本内容进行语义分析，判断其相似度。还有基于机器学习的阈值设定方法，通过训练模型来判断文本相似度。不同的方法适用于不同的场景，研究者可以根据具体需求选择合适的查重阈值设定方法。