一种常见的深度分析方法是基于文本相似度的比对。论文检测系统会通过比对被检测论文与已知文献的相似度，来判断是否存在抄袭行为。另外，还有基于语义分析的方法，通过对论文内容进行语义分析，来发现其中可能存在的抄袭或剽窃行为。此外，还有基于引用关系的分析方法，通过分析论文中的引用关系，来评估论文的独创性和学术价值。

除了以上提到的方法，还有基于图像识别技术的深度分析方法。一些论文检测系统可以通过识别论文中的图片或图表来进行分析，以发现可能存在的抄袭或篡改行为。另外，还有基于数据挖掘和机器学习的深度分析方法，通过对大量数据的分析和学习，来识别论文中的异常模式或规律，进而发现潜在的抄袭行为。这些方法的综合运用可以提高论文检测系统的准确性和效率。